L'isola è stata influenzata da molte civiltà (celtica, ligure, etrusca, greca e romana) e recenti scavi hanno portato alla luce diversi siti archeologici.
Abitata fin dall'antichità, l'isola è rimasta allo stato naturale. Dal XVI secolo divenne un punto di difesa con il forte di Sainte-Agathe, poi il forte di Langoustier e il forte di Alycastre. Il villaggio fu creato nel 1820, il faro nel 1837 e la chiesa nel 1850.
Nel 1912, l'isola fu acquistata da un uomo d'affari, il signor Fournier, che la regalò alla moglie. In questo periodo si svilupparono i vigneti e l'orticoltura. Oggi l'isola di Porquerolles è gestita dal Parco Nazionale di Port-Cros. Nel 2012 è stata classificata come "Cuore del Parco Nazionale".